Shin Godzilla 2016 bắt đầu từ khi Aqua Line của vịnh Tokyo bị lũ lụt và sụp đổ một cách bí ẩn, Phó Chánh văn phòng Nội Rando Yaguchi của Nhật Bản tin rằng vụ việc đã được gây ra bởi một sinh vật sống. Tuyên bố của ông khiến Thủ tướng Chính phủ cảm thấy kh

Trong khi lục lọi đồ đạc của người dì vừa qua đời, Matsuko, cháu trai Sho đã cùng nhau tìm hiểu những sự kiện quan trọng đã nhấn chìm cuộc đời của Matsuko vào một bi kịch tuyệt vọng.

Một bác sĩ pháp y nghiêm túc và một nhóm chuyên gia đảm nhận những vụ án phức tạp thông qua công việc của họ tại Phòng nghiên cứu Điều tra Cái chết Dị thường.